合同诈骗立案后，如果被告人主动退还财物，经人民检察院审查，认为情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的，可以由人民检察院撤回起诉。但是，如果犯罪事实清楚，证据充分有效，依法应当追究被告人的刑事责任的，即使被告人主动还款，检察院也应向人民法院提起公诉。

《最高人民检察院关于公诉案件撤回起诉若干问题的指导意见》第三条
对于提起公诉的案件，发现下列情形之一的，人民检察院可以撤回起诉：
（一）不存在犯罪事实的；
（二）犯罪事实并非被告人所为的；
（三）情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；
（四）证据不足或证据发生变化，不符合起诉条件的；
（五）被告人因未达到刑事责任年龄，不负刑事责任的；
（六）被告人是精神病人，在不能辨认或者不能控制自己行为的时候造成危害结果，经法定程序鉴定确认，不负刑事责任的；
（七）法律、司法解释发生变化导致不应当追究被告人刑事责任的；
（八）其他不应当追究被告人刑事责任的。