在不同的法律阶段，对于那些证据不足以证明犯罪事实确实存在的刑事案件，主要有如下三种处理方式和相应的处置规程:
首先，如果公安机关在接报案并展开初查与取证工作后，仍发现证据不足以证实嫌疑人进行过犯罪活动，则公安机关有权决定不再对此案继续深入调查或撤销案件，对被拘留的人员予以释放，即进入法律程序的终止。
其次，对于那些在尚未获得充分证据情况下就先行拘押嫌疑人的案件，检察机关有权不批准将嫌疑人逮捕，这意味着错过起诉和审查起诉的阶段，而在一年后的取保候审期限结束时，嫌疑人将不再受到司法程序的控诉，从而避免接受定罪处罚。
最后，在移交至法院审理的过程中，如果仍然存在证据不足现象，那么法院将依法做出宣告被告无罪的判决。

《刑事诉讼法》第一百七十五条
人民检察院审查案件，可以要求公安机关提供法庭审判所必需的证据材料；认为可能存在本法第五十六条规定的以非法方法收集证据情形的，可以要求其对证据收集的合法性作出说明。?
?人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。
对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。
补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。
对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。