在对强奸罪行展开刑事诉讼之后，通常所要遵循的司法程序主要包含如下几个重要阶段：
首先，即为立案环节，依据我国《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百一十二条规定，由当地公安机关、人民检察院或者人民法院在收到关于此种犯罪行为的相关报案、控告、举报以及自首材料后，应当立即展开细致的审查工作，然后据此决定是否启动立案程序。倘若经鉴定确信已有足够的犯罪事实存在，且其应当受到刑事责任的追究，那么就应予以立案；反之，若认定此类犯罪行为并不构成事实亦或者存在显著程度较轻现象，则可决定不予立案，同时还需及时告知相关控告人。
其次，立案程序启动后，公安机关将开始着手进行侦查工作，以获取充足的证据，从而全面了解案件的真实情况。
再者，待侦查工作完成后，公安机关将会把案件移交至人民检察院进行审查起诉。在此过程中，人民检察院将对案件材料进行深入研究，并据此决定是否向人民法院提起公诉。
最后，根据我国《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十六条规定，当人民检察院确认犯罪嫌疑人的犯罪事实已经查证属实，且证据确凿、充分，依法应当追究刑事责任的情况下，便应做出起诉决定，并向人民法院提交公诉书。而在审判阶段，人民法院将依照法定程序对案件进行审理，听取控辩双方的意见，开展法庭调查与辩论活动，最终根据案件事实及法律规定作出相应的判决。
此外，若被害人对于公安机关未予立案侦查持有异议，根据我国《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百一十三条规定，他们有权向人民检察院提出申诉，而人民检察院也应当要求公安机关对此做出解释，如若发现解释理由无法成立，则应通知公安机关重新启动立案程序。以上所述各步骤均是基于现行法律法规所进行的案情分析，但在实际操作过程中，可能会因具体情况的变化而有所调整。

《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百一十二条人民法院、人民检察院或者公安机关对于报案、控告、举报和自首的材料，应当按照管辖范围，迅速进行审查，认为有犯罪事实需要追究刑事责任的时候，应当立案；认为没有犯罪事实，或者犯罪事实显著轻微，不需要追究刑事责任的时候，不予立案，并且将不立案的原因通知控告人。控告人如果不服，可以申请复议。”
《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百一十三条人民检察院认为公安机关对应当立案侦查的案件而不立案侦查的，或者被害人认为公安机关对应当立案侦查的案件而不立案侦查，向人民检察院提出的，人民检察院应当要求公安机关说明不立案的理由。人民检察院认为公安机关不立案理由不能成立的，应当通知公安机关立案，公安机关接到通知后应当立案。”
《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十六条人民检察院认为犯罪嫌疑人的犯罪事实已经查清，证据确实、充分，依法应当追究刑事责任的，应当作出起诉决定，按照审判管辖的规定，向人民法院提起公诉，并将案卷材料、证据移送人民法院。
犯罪嫌疑人认罪认罚的，人民检察院应当就主刑、附加刑、是否适用缓刑等提出量刑建议，并随案移送认罪认罚具结书等材料。”