运输毒品犯罪主观要件证据主要有以下问题：
1、需要证明行为人主观上必须明知这是毒品才构成犯罪；
2、与毒品犯罪有关联的物证、书证收集不到位；
3、破案时机把握不准；
4、毒品鉴定存在问题，实践中一般对毒品只作定性鉴定，而不作定量分析。

《刑法》第三百四十七条
走私、贩卖、运输、制造毒品，无论数量多少，都应当追究刑事责任，予以刑事处罚。
走私、贩卖、运输、制造毒品，有下列情形之一的，处十五年有期徒刑、无期徒刑或者死刑，并处没收财产：
（一）走私、贩卖、运输、制造鸦片一千克以上、海洛因或者甲基苯丙胺五十克以上或者其他毒品数量大的；
（二）走私、贩卖、运输、制造毒品集团的首要分子；
（三）武装掩护走私、贩卖、运输、制造毒品的；
（四）以暴力抗拒检查、拘留、逮捕，情节严重的；
（五）参与有组织的国际贩毒活动的。
单位犯第二款、第三款、第四款罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照各该款的规定处罚。