达到下列标准，指使部属违反职责罪才能立案：
造成重大任务不能完成或者迟缓完成的；
造成死亡一人以上，或者重伤二人以上，或者重伤一人、轻伤三人以上，或者轻伤五人以上的；
造成武器装备、军事设施、军用物资或者其他财产损毁，直接经济损失二十万元以上，或者直接经济损失、间接经济损失合计一百万元以上的。

《军人违反职责罪案件立案标准的规定》第八条
指使部属违反职责罪是指指挥人员滥用职权，指使部属进行违反职责的活动，造成严重后果的行为。
涉嫌下列情形之一的，应予立案：
（一）造成重大任务不能完成或者迟缓完成的；
（二）造成死亡一人以上，或者重伤二人以上，或者重伤一人、轻伤三人以上，或者轻伤五人以上的；
（三）造成武器装备、军事设施、军用物资或者其他财产损毁，直接经济损失二十万元以上，或者直接经济损失、间接经济损失合计一百万元以上的；
（四）造成其他严重后果的。