即使被告人拒绝承认其罪行，只要证据材料确凿充分，足以构建起完备的证据链条，有力地证明被告人为犯下强奸罪提供了直接且关键的依据，那么，司法机关仍然需要依照法律程序，正式判定被告人物理上的有罪并给予相应的刑事处罚。
在这个过程中，法院将全面审视各类证据，其中包括受害者的陈述、目击证人的证词、实物证据以及专业鉴定机构所出具的相关意见等等。
而在确定最终刑罚的时候，法院会根据犯罪行为的真实情况、严重性、情节以及对社会造成的危害程度等多方面因素进行综合考虑与权衡。

《中华人民共和国刑法》第二百三十六条
【强奸罪】以暴力、胁迫或者其他手段强奸妇女的，处三年以上十年以下有期徒刑。
奸淫不满十四周岁的幼女的，以强奸论，从重处罚。
强奸妇女、奸淫幼女，有下列情形之一的，处十年以上有期徒刑、无期徒刑或者死刑：
（一）强奸妇女、奸淫幼女情节恶劣的；
（二）强奸妇女、奸淫幼女多人的；
（三）在公共场所当众强奸妇女、奸淫幼女的；
（四）二人以上轮奸的；
（五）奸淫不满十周岁的幼女或者造成幼女伤害的；
（六）致使被害人重伤、死亡或者造成其他严重后果的。