当您遭遇他人的恶意指控、被错认为涉及严重违法行为如强奸罪，并已由公安机构正式立案调查时，合理应对此事件的关键步骤如下所示：首先，我们必须在任何时候都保持冷静，切勿惊慌失措，以合理方式保障自我合法权益不受侵害；
其次，积极同公安部门进行沟通交流，深入理解立案调查的详细情况及相关细节，以便确定是否存在错误指控的问题；
如果证实的确属于误告，应当立即向公安机关提供有力证据，以证明自身毫无过错；
同时，针对错误案件，公民有权申请撤销立案，向办案单位详细阐述实际情况并附上相关证据材料；
若公安机关决定不予起诉，依据我国《中华人民共和国刑事诉讼法》中的第一百八十条规定，当事人可向检察官提交申诉书，请求对该案件启动公诉程序；
若经最高检检察官审理后依然做出不起诉裁定，当事人可向法庭提出上诉，申请判定自身为无罪；
若最后法院判定被告人无罪，诉讼当事人有权要求公安机关销毁案件且依法追究捏造虚假事实之人的相关法律责罚。
在此过程中，阁下亟需寻求具备丰富经验的专业律师协助，以确保自身权益获得有效的法律保障与支持。

《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百八十条
对于有被害人的案件，决定不起诉的，人民检察院应当将不起诉决定书送达被害人。被害人如果不服，可以自收到决定书后七日以内向上一级人民检察院申诉，请求提起公诉。人民检察院应当将复查决定告知被害人。对人民检察院维持不起诉决定的，被害人可以向人民法院起诉。被害人也可以不经申诉，直接向人民法院起诉。人民法院受理案件后，人民检察院应当将有关案件材料移送人民法院。