在公诉机关对涉嫌强奸犯罪行为进行立案调查时，其所依据的关键要素包括：
第一，确凿无疑地持有足够的证据能够表明涉案行为已经实际发生；
其次，这一行为必须是在相关个人的意志之外，并且涉案行为人使用了暴力、威胁或其他不正当手段强迫实施的这种性行为。
再者，即使行为人明知对方尚未达到法定年龄（即不满14岁）或者由于身体原因而无法抵抗，但仍然强行与其发生性关系，那么他同样需要承担相应的法律惩罚。
另外，受害人的主动报案以及目击证人的证词也是决定是否立案的重要参考因素之一。

《中华人民共和国刑法》第二百三十六条
以暴力、胁迫或者其他手段强奸妇女的，处三年以上十年以下有期徒刑。
奸淫不满十四周岁的幼女的，以强奸论，从重处罚。
强奸妇女、奸淫幼女，有下列情形之一的，处十年以上有期徒刑、无期徒刑或者死刑：
（一）强奸妇女、奸淫幼女情节恶劣的；
（二）强奸妇女、奸淫幼女多人的；
（三）在公共场所当众强奸妇女、奸淫幼女的；
（四）二人以上轮奸的；
（五）奸淫不满十周岁的幼女或者造成幼女伤害的；
（六）致使被害人重伤、死亡或者造成其他严重后果的。