检察院不起诉，公务员一般不会被开除。
检察机关不起诉分为三种情形：
法定不起诉、酌定不起诉、存疑不起诉。
公职人员被检察机关法定不起诉或者存疑不起诉，一般都不会收到处分。
但如果是被存疑不起诉的，公职人员虽然不会被开除，但是会给予撤职处分。

《中华人民共和国政务处分法》第十四条
公职人员犯罪，有下列情形之一的，予以开除：
（一）因故意犯罪被判处管制、拘役或者有期徒刑以上刑罚（含宣告缓刑）的；
（二）因过失犯罪被判处有期徒刑，刑期超过三年的；
（三）因犯罪被单处或者并处剥夺政治权利的。
因过失犯罪被判处管制、拘役或者三年以下有期徒刑的，一般应当予以开除；
案件情况特殊，予以撤职更为适当的，可以不予开除，但是应当报请上一级机关批准。
公职人员因犯罪被单处罚金，或者犯罪情节轻微，人民检察院依法作出不起诉决定或者人民法院依法免予刑事处罚的，予以撤职；
造成不良影响的，予以开除。