证据不足的结案方式，在侦查、审查起诉、审判的各个阶段有所不同：
1、在公安机关立案后，发现证据不足的，公安机关应撤销立案，终结侦查程序。
2、在检察院审查起诉时，发现案件证据不足无法起诉的，检察院应作出存疑不起诉的决定。
3、案件在法院进行审理时，检察院可以撤回起诉，法院发现证据不足的，应依法作出无罪判决。

《刑事诉讼法》一百七十七条
犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者有本法第十六条规定的情形之一的，人民检察院应当作出不起诉决定。不起诉的决定，应当公开宣布，并且将不起诉决定书送达被不起诉人和他的所在单位。如果被不起诉人在押，应当立即释放。在审判阶段，在人民法院宣告判决前，人民检察院发现证据不足或证据发生变化，不符合起诉条件的，可以撤回起诉。