1、共同犯罪案件的管辖。
就高不就低：
一人犯数罪、共同犯罪和其他需要并案审理的案件，其中一人或者一罪属于上级法院管辖的，全案由上级法院管辖。
并案管辖：
共同犯罪的，共同犯罪的犯罪嫌疑人、被告人还实施其他犯罪的，法院、检察院、公安机关可以在其职责范围内并案处理。
2、共同犯罪案件的辩护。
一名辩护人不得为两名以上的同案被告人，或者未同案处理但犯罪事实存在关联的被告人辩护。
共同犯罪案件中，其他被告人已经委托辩护人的，被告人没有委托辩护人的，法院可以通知法律援助机构指派律师为其提供辩护。
3、共同犯罪嫌疑人、被告人的讯问应分别讯问。
4、共同犯罪案件的审查起诉。
对于移送审查起诉的案件，如果犯罪嫌疑人在逃的，应当要求公安机关采取措施保证犯罪嫌疑人到案后再移送审查起诉。
共同犯罪案件中部分犯罪嫌疑人在逃的，对在案的犯罪嫌疑人的审查起诉应当依法进行。
5、简易程序的适用
共同犯罪案件中部分被告人不认罪或者对适用简易程序有异议的，不适用简易程序。

《刑事诉讼法》第三条
对刑事案件的侦查、拘留、执行逮捕、预审，由公安机关负责。检察、批准逮捕、检察机关直接受理的案件的侦查、提起公诉，由人民检察院负责。审判由人民法院负责。除法律特别规定的以外，其他任何机关、团体和个人都无权行使这些权力。人民法院、人民检察院和公安机关进行刑事诉讼，必须严格遵守本法和其他法律的有关规定。