水土保持补偿费的申报如下：
1、登录电子税务局，进入我要办税页面，选择税费申报及缴纳。
2、选择非税收入申报，点击非税收入通用申报表。
3、选择按期申报，点击进入申报。
4、勾选水土保持补偿费，录入计费依据，系统自动计算应缴费用，点击申报。
5、上传必报的资料，点击确定。
6、在弹出窗口选择申报。

《中华人民共和国水土保持法》第三十二条
开办生产建设项目或者从事其他生产建设活动造成水土流失的，应当进行治理。
在山区、丘陵区、风沙区以及水土保持规划确定的容易发生水土流失的其他区域开办生产建设项目或者从事其他生产建设活动，损坏水土保持设施、地貌植被，不能恢复原有水土保持功能的，应当缴纳水土保持补偿费，专项用于水土流失预防和治理。专项水土流失预防和治理由水行政主管部门负责组织实施。水土保持补偿费的收取使用管理办法由国务院财政部门、国务院价格主管部门会同国务院水行政主管部门制定。
生产建设项目在建设过程中和生产过程中发生的水土保持费用，按照国家统一的财务会计制度处理。