关于违章建筑中围墙的处理，具体情况通常如下：
一、责令限期拆除
当围墙被认定为违章建筑，且不符合城乡规划等相关规定时，相关行政部门会责令当事人在规定期限内自行拆除。
行政部门会明确告知当事人拆除的期限，并下达书面通知。
在这个过程中，会详细说明围墙违章的具体原因以及拆除的必要性，让当事人清楚了解情况，以便其按时完成拆除工作。
二、依法强制拆除
若当事人在规定期限内没有自行拆除围墙，行政部门就会依法采取强制拆除措施。
不过，强制拆除有着严格的法定程序。
在实施前，行政部门会再次与当事人沟通，告知其强制拆除的时间和相关安排。
同时，还会保障当事人的合法权益，
三、补办手续
在一些特殊情况下，当事人需要提交相关证明材料，说明围墙建设的具体情况和原因，经相关部门审核通过后，按要求补齐手续。
需注意，具体处理方式会因违章建筑的具体情形以及所在地区的相关规定等因素而有所不同。

案情回顾:

小朱未经规划许可在城市规划区内擅自建设围墙，行政部门认定其为违章建筑，责令限期拆除并下达书面通知。小朱却未在期限内拆除，行政部门准备强制拆除。小朱认为自己围墙建设有特殊情况，应允许补办手续，双方产生争议。

案情分析:

1、小朱未经许可建围墙违反城市规划要求，行政部门责令其限期拆除符合相关规定，下达的书面通知也尽到了告知义务。
2、小朱未按时拆除，行政部门依法采取强制拆除措施合理，且保障其合法权益的做法符合法定程序。
3、小朱主张补办手续，需看是否符合特殊情况及相关条件，如非历史遗留等特殊问题导致手续不全，一般不能补办。