关于建在宅基地上的违建房补偿问题，需要根据不同情况来具体分析。
以下为您详细阐述：
一、认定程序及结果的重要性
违建的认定是否合法合规是关键。
相关部门在进行认定时，必须严格按照法定程序展开调查。
同时，还需向周边居民了解相关信息，查看是否存在历史遗留问题等。
若认定程序不合法，
二、不同违建情形下的补偿情况
1.可补正的违建：若在征收公告发布前，违建经过合理补正，使其符合规划等要求，例如通过补办相关手续、调整房屋用途等方式，让违建变为合法建筑，这种情况下一般可参照合法建筑给予合理补偿。
2.无法补正的违建：若违建无法补正，且属于严重违反城乡规划等法律法规的，像在农田保护区内违规建房等，通常是不予补偿的。
但对于建筑材料等可由当事人自行拆除利用的部分，如果因征收等原因导致当事人无法自行拆除，征收方可能会给予适当的残值补偿。
总之，具体的补偿情况要综合违建的实际情况以及当地政策法规等多方面因素来判断。

案情回顾:

小朱在自家宅基地上建了房，被认定为违建。小朱认为认定程序不合法，相关部门未充分调查就下结论。且小朱主张自己的违建可补正，应获补偿，而相关部门认为其违建无法补正，不应补偿，双方就补偿问题产生争议。

案情分析:

1、关于违建认定程序，相关部门应严格依法进行调查，如实地勘查房屋情况、向周边居民了解信息等。若程序不合法，认定结果可能不准确，影响补偿判断。
2、对于违建是否可补正，若小朱能在征收公告发布前通过补办手续等方式使违建符合要求，可参照合法建筑补偿；若无法补正且严重违法，一般不予补偿，但对无法自行拆除利用的部分可能给予残值补偿。