关于在存在争议的房屋拆迁中违建的认定问题，以下为您详细阐述：
一、认定主体
通常情况下，违建的认定工作由城乡规划主管部门来负责。
这些部门具备专业的知识和法定的职权，能够依据相关法规和政策对房屋是否属于违建作出准确判断。
除此之外，其他依法获得授权、有权进行认定的部门，也可承担此项工作，确保认定工作在合法、合规的框架内进行。
二、认定依据
1.规划层面：若房屋在建设过程中，未依法取得建设工程规划许可证，或者虽然取得了许可证，但实际建设并未按照许可证所规定的要求进行，并且无法通过补办相关手续使其建设行为合法化，那么这样的房屋就有可能被认定为违建。
2.建设程序方面：如果房屋在建设时，未经相关部门的审批程序，擅自进行建设，这种违反建设程序的房屋，也会被视作违建。
三、认定程序
相关部门首先要进行全面且细致的调查取证，详细了解房屋的建设时间、具体建设情况等多方面信息。
在这个过程中，要充分听取当事人的陈述和申辩，切实保障当事人的合法权益。
在作出认定决定之前，还应当充分考虑到可能存在的历史遗留问题等各种因素。
例如，有些房屋是因历史原因形成的，且在当时是符合政策规定的，对于这类房屋，就不应简单地认定为违建。
在房屋拆迁过程中，对违建的认定必须严格按照法律法规进行，以保障当事人的合法权益。

案情回顾:

小朱的房屋面临拆迁，相关部门认定其房屋为违建，小朱对此存在争议。争议点在于认定主体、依据及程序是否合法合规，小朱认为自家房屋并非违建，相关部门不应如此认定。

案情分析:

1、关于认定主体，违建认定通常由城乡规划主管部门负责，若认定小朱房屋违建的部门并非此类具备专业知识和法定职权的部门，且无合法授权，认定可能不合法。
2、从认定依据看，若小朱房屋取得建设工程规划许可证且按要求建设，或虽未按程序但能补办手续合法化，就不应认定为违建。
3、在认定程序上，若未全面调查取证、未听取小朱陈述申辩，未考虑历史遗留问题等，该认定程序不合法。