农村违建房屋的处理方式主要有以下几种：
一、责令限期改正或拆除
在农村违建房屋的处理中，如果违建行为相对较轻，且通过采取一定的改正措施，能够消除对规划实施所产生的影响，相关部门通常会责令当事人在规定的期限内进行改正。
比如，房屋超出规划面积不大，通过调整布局等方式可以符合规划要求，这种情况下就可责令改正。
但要是违建情况严重，无法通过改正措施消除对规划的影响，像房屋建在了基本农田等禁止建设区域，一般就会责令当事人限期拆除违建房屋。
二、依法强制拆除
当相关部门责令当事人限期拆除后，如果当事人在规定的期限内没有自行拆除违建房屋，行政机关就会依法作出强制拆除的决定。
在实施强制拆除前，会按照法定程序进行，比如提前发布公告，告知当事人强制拆除的时间、依据等，之后再按照法定流程实施强制拆除。
三、部分没收
对于部分符合特定条件的违建房屋，可能会对违建部分予以没收。
在处理农村违建房屋时，必须遵循法定程序，保障当事人合法权益。
作出处理决定前，要进行详细调查，明确告知当事人相关权利等。
对于历史遗留问题，会结合具体情况特殊处理。

案情回顾:

小朱在农村建房，超出规划面积少许，相关部门责令其限期改正。小胡的房屋建在基本农田上，被责令限期拆除，但其拒绝执行。小李的违建房屋部分有利用价值，相关部门拟对违建部分没收，小李表示不满。争议点在于当事人对不同处理方式存在异议。

案情分析:

1、小朱的违建行为较轻，通过调整布局等改正措施能符合规划要求，相关部门责令其改正符合规定，旨在消除对规划实施的影响。
2、小胡房屋建在禁止建设区域，违建情况严重，责令拆除合理合法，其拒绝执行是不当的，行政机关后续可依法强制拆除。
3、小李违建部分有利用价值，相关部门予以没收符合部分没收的处理情形，应向小李解释清楚，保障其知情权。