对于产权不明的被征收房屋作出补偿决定，是行政法规赋予政府的一项法定职责，其不能也无权拒绝，不能因为被征收主体不明确，就降低或不对被征收房屋进行补偿。
因为在公益征收过程中，按照国家逻辑和行政管理规律运作，是否征收、补偿标准如何都因征收的公益性而具有一定的行政强制执行力。这就意味着哪怕对补偿对象有争议，政府也必须依法作出补偿决定，而不能因被征收物产权不明而影响整个征收工作的进程。根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》第二十六条规定，对于产权不明的房屋，也应该严格按照征收补偿方案的要求作出补偿安置。
房屋征收部门或者其委托的房屋征收实施单位是房屋征收具体工作的实施者，其应当对房屋征收范围内的房屋的权属组织调查登记，在调查登记后发现特定房屋属于所有权不明状态的，应当将上述情况报告做出房屋征收决定的市、县级人民政府，房屋管理部门作出征收补偿安置方案。

根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》第二条
规定，为了公共利益的需要，征收国有土地上单位、个人的房屋，应当对被征收房屋所有权人（被征收人）给予公平补偿。
第二十六条
规定，被征收房屋所有权人不明确的，由房屋征收部门报请作出房屋征收决定的市、县级人民政府依照本条
例的规定，按照征收补偿方案作出补偿决定，并在房屋征收范围内予以公告。
政府部门为了公共利益的需要，有权对产权不明的房屋依法作出征收决定，但应依法作出补偿安置。