农村占地两亩的别墅违法，一般不能确权，具体根据当地政策确定。农民集体成员建房占用的宅基地，符合规划但超过当地面积标准的，在补办相关用地手续后，依法对标准面积予以确权登记，超占面积在登记簿和权属证书附记栏中注明。历史上接受转让、赠与房屋占用的宅基地超过当地规定面积标准的，按照转让、赠与行为发生时对宅基地超面积标准的政策规定，予以确权登记。

《农村宅基地管理办法》第九条农村村民一户只能拥有一处宅基地，宅基地面积标准（包括附属用房、庭院用地），使用耕地最高不得超过125平方米；使用其他土地最高不得超过140平方米；山区有条件利用荒地、荒坡的，最高不得超过160平方米。宅基地的用地面积限额为：三人及三人以下的农户75㎡以内，四人的农户100㎡以内，五人的农户110㎡以内；六人及六人以上的农户125㎡以内。使用非耕地的，每档最高可增加15㎡；山区有条件利用荒坡、荒山建房的，每档最高可增加35㎡。实施旧村改造、下山移民拆除面积超出用地限额20㎡以上的，可放宽一个档次的用地限额。