医疗合同纷争适用的诉讼时效一般设定为三年，此外，若法律另有特别规定，也需参照执行。
根据我国现行的法律体系，针对涉及到公民、法人等民事主体的权益诉求，向人民法院提起的保护民事权利之诉讼，其时效期限通常被规定为三年，但在另外一些情况下，还可根据相关的具体规定，对该时效性进行相应的延长或缩短。诉讼时效的起算日期应从权利人明确知晓自身权益受到了损害，并且已经确定了责任人的那一天开始计算。
然而，如果自权利人实际遭受侵害的那天起，已经过去了二十年以上，那么人民法院将不再对此类案件提供保护，除非存在特殊情况，例如权利人提出申请并得到人民法院批准，方可适当延长诉讼时效。

《民法典》第一百八十八条
向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。
法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。
法律另有规定的，依照其规定。
但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。