在面包车上运载货物时发生事故，保险公司能否进行赔偿，这取决于投保的险种、保险合约条款以及实际事故状况等多个因素。
具体来说，如果面包车是作为私人用车并在投保前向保险公司进行了如实的告知，那么保险公司很有可能会履行赔偿义务。
然而，若是用于商业经营或者存在违规操作的情形，保险公司则有权拒绝支付赔偿金。
另外，赔偿金额也受到保险责任范围的严格限制。

《中华人民共和国民法典》第一千二百一十三条机动车发生交通事故造成损害，属于该机动车一方责任的，先由承保机动车强制保险的保险人在强制保险责任限额范围内予以赔偿；不足部分，由承保机动车商业保险的保险人按照保险合同的约定予以赔偿；仍然不足或者没有投保机动车商业保险的，由侵权人赔偿。