自然人提起针对企业的诉讼程序可按以下步骤进行：
首先，原告应精心撰写起诉书，其中格式须严格遵循相关法律法规的规定；
其次，原告需依照法定程序向人民法院提交诉状以启动诉讼程序；
再次，法院在确认该诉讼符合法定起诉要件后，将予以立案并展开审理工作，之后再根据实际情况作出公正合理的裁决，若诉讼不具备起诉要件而未能获得立案受理时，原告可对此提出异议并向上一级法院提出上诉申请。

《中华人民共和国民事诉讼法》
第一百二十二条
起诉必须符合下列条件：
(一)原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织;
(二)有明确的被告;
(三)有具体的诉讼请求和事实、理由;
(四)属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖。