有效。电子邮件申请行政复议是一项行政便民措施，但复议机关无法判断申请文件的真实有效性，所以在办理行政复议的过程中仍需申请人按照《海关行政复议办法》第三十四条的规定办理相关手续。
申请人以传真、电子邮件方式递交行政复议申请书、证明材料的，海关行政复议机构不得以其未递交原件为由拒绝受理。
海关行政复议机构受理申请人以传真、电子邮件方式提出的行政复议申请后，应当告知申请人自收到《行政复议申请受理通知书》之日起10日内提交有关材料的原件。

《海关行政复议办法》第二十六条
申请人书面申请行政复议的，可以采取当面递交、邮寄、传真、电子邮件等方式递交行政复议申请书。
海关行政复议机关应当通过海关公告栏、互联网门户网站公开接受行政复议申请书的地址、传真号码、互联网邮箱地址等，方便申请人选择不同的书面申请方式。