违法生产商品的违法所得按违法生产商品的全部销售收入扣除生产商品的原材料购进价款计算；违法销售商品的违法所得按违法销售商品的销售收入扣除所售商品的购进价款计算等。

《工商行政管理机关行政处罚案件违法所得认定办法》对工伤行政处罚的违法所得计算做了明确规定，具体如下：
1.第三条：
违法生产商品的违法所得按违法生产商品的全部销售收入扣除生产商品的原材料购进价款计算。
2.第四条：
违法销售商品的违法所得按违法销售商品的销售收入扣除所售商品的购进价款计算。
3.第五条：
违法提供服务的违法所得按违法提供服务的全部收入扣除该项服务中所使用商品的购进价款计算。
4.第六条
违反法律、法规的规定，为违法行为提供便利条件的违法所得按当事人的全部收入计算。
5.第七条：
违法承揽的案件，承揽人提供材料的，按照本办法第三条
计算违法所得；
定做人提供材料的，违法所得按本办法第五条
计算。
6.第八条：
在传销违法活动中，拉人头、骗取入门费式传销的违法所得按当事人的全部收入计算。团队计酬式传销的违法所得，销售自产商品的，按违法销售商品的收入扣除生产商品的原材料购进价款计算；
销售非自产商品的，按违法销售商品的收入扣除所售商品的购进价款计算。
7.第九条：
在违法所得认定时，对当事人在工商行政管理机关作出行政处罚前依据法律、法规和省级以上人民政府的规定已经支出的税费，应予扣除。