公司在办理完工伤后，其损失赔偿的确定通常有一定依据：
1.依据法律与约定：一般会依据具体的法律规定以及公司和员工双方事先的约定来明确赔偿事宜。
2.第三人侵权情况：若工伤是因第三人侵权导致的，公司先行支付工伤赔偿费用后，有权向第三人追偿。
比如员工在上班途中被第三人驾车撞伤认定为工伤，公司支付赔偿后可向肇事第三人追偿。
追偿的时间和具体方式，要按照法律程序以及掌握的证据情况来确定。
3.公司自身原因情况：当工伤是由公司自身原因造成时，公司在依法支付工伤待遇后，可依据与员工的劳动合同或者内部规定，向员工主张相应赔偿或补偿。
例如员工按公司要求违规操作导致工伤，公司可在扣除员工相应责任后进行赔偿。
公司损失赔偿的时间及方式比较复杂，需结合具体情况依法处理。
若出现争议，可通过劳动仲裁或诉讼途径解决。

案情回顾:

小朱在公司工作时受伤，被认定为工伤。公司支付赔偿后，发现小朱工伤是上班途中被小李驾车撞伤所致，公司认为应向小李追偿；同时，公司还称小朱曾按公司要求违规操作对工伤发生有一定责任，要扣除其相应责任后赔偿，小朱对此有异议。

案情分析:

1、对于小李驾车撞伤小朱导致工伤这一情况，根据法律规定，公司先行支付工伤赔偿费用后，有权向第三人即小李追偿，追偿时间和方式需按法律程序及证据情况确定。
2、关于公司称小朱按要求违规操作问题，因工伤由公司自身原因造成时，公司可依据劳动合同或内部规定向员工主张相应赔偿或补偿，公司扣除小朱相应责任后赔偿符合相关规定。