水资源税费改革以及排污口治污成本收回的污水处理费均由各用水机构承担。
其中，水资源费特指针对城市内实际水资源使用进行收缴的服务性费用。
这类费用将根据“取之于水、用之于水”的环保理念，全部返归地方财政中，做为专门用来发展循环利用水资源及完善水务管理的专项资金使用。
在我国，自上世纪八十年代初期起，就已开始定期向工矿制造业等自备水资源使用行业征收水资源费。
而污水处理费则按照补偿排污管道与污水处理设备的运营及维护成本，并在此基础上进行适当盈利的标准设定。
关于污水处理费的税收部分，即对符合特定条件的环境保护项目所获取的利润，自项目取得首年完工并投入生产的那一个税收年度开始，前三年的企业所得税予以全额豁免，从第四年起到第六年，则享受减半征税的优惠政策。
对于收取污水处理费的主体（收费方）和承担缴费义务的单位来说，两者之间建立的是以契约或者委托为内容的牢固合作联系。

《污水处理费征收使用管理办法》
第四条污水处理费属于政府非税收入，全额上缴地方国库，纳入地方政府性基金预算管理，实行专款专用。