要扣分，根据驾驶车型分为两种情况。
1、中型以上的客运汽车或者载货汽车、校车、危险品运输等可能造成大量人身财产安全损失的车辆在高速公路上行驶超速20%不到50%的，一次扣12分。若在高速公路和城市快速路以外的道路上行驶超速20%-50%，一次扣6分。
2、其他类型车辆均是一次扣6分。

《交通法规扣分细则》第六十九条
机动车驾驶人在一个记分周期内记分未达到12分，所处罚款已经缴纳的，记分予以清除;记分虽未达到12分，但尚有罚款未缴纳的，记分转入下一记分周期。