故意涂改车牌是会扣车的，根据法条伪造、变造或者使抄用伪造、变造的机动车登记证书、号牌、行驶证、驾驶证的，由公安机关交通管理部门予以收缴，扣留该百机动车。
也就是说，只要是属于伪造、变造的方法改变机动车车牌号的都要扣押车和处罚。

《中华人民共和国道路交通安全法》第九十六条
伪造、变造或者使抄用伪造、变造的机动车登记证书、号牌、行驶证、驾驶证的，由公安机关交通管理部门予以收缴，扣留该百机动车，处15日以下拘留，并处2000元以上5000元以下罚款；
构成犯罪的，依法追究刑事责任。
伪造、变造或者使用伪造、变造的检验合格标志、保险标志的，由公安机关交通管理部门予以收缴，扣留度该机动车，处10日以下拘留，并处1000元以上3000元以下罚款；
构成犯罪的，依法追知究刑事责任。
使用其他车辆的机动车登记证书、号牌、行驶证、检验合格标志、保险标志的，由公安机关交通管理部门予以收缴，扣留道该机动车，处2000元以上5000元以下罚款。