按照相关规定，校车中巴车超载50%，司机扣6分罚款500元的处罚。

《道路交通安全法》
第四十九条机动车载人不得超过核定的人数，客运机动车不得违反规定载货。
第九十二条公路客运车辆载客超过额定乘员的，处200元以上500元以下的罚款;超过额定乘员20%或者违反规定载货的，处500元以上2000元以下的罚款。
货运机动车超过核定载质量的，处200元以上500元以下罚款;超过核定载质量30%或者违反规定载客的，处500元以上2000元以下罚款。
有前两款行为的，由公安机关交通管理部门扣留机动车至违法状态消除。
运输单位的车辆有本条第一款、第二款规定的情形，经处罚不改的，对直接负责的主管人员处2000元以上5000元以下罚款。