汽车自燃后可以按照以下程序申请赔偿：
1、及时报警，让消防部门出具火灾原因认定书，有这个认定书就可以认定汽车是自燃行为，而非车主本身的原因；
2、车主跟厂家协商，委托鉴定单位鉴定；
3、如果有自燃保险，先通知保险公司，申请理赔；
4、及时通知汽车经销商，说明提供的车辆存在质量问题，进行维权。

《机动车辆保险附加险条款》第四条
被保险人向保险人索赔时，须提供保险单、行车执照、购车原始发票、车辆购置附加费凭证、车钥匙，以及出险地县级以上公安刑侦部门出具的盗抢案件证明和车辆已报停手续。