关于合同中赔偿款超出总金额的约定是否合法，通常需要根据实际的情况来进行全面、深入的评估，并且还要考虑到相关的法律法规。
从法律层面来看，若双方在签署合同时自愿表达了真诚的意愿，并明确地约定了赔偿款的计算方法或具体数额，而且这些约定并不违背法律法规中的强制性规定以及公共秩序与善良风俗原则的话，那么这样的设定便具备了有效性。
然而，必须注意的是，如果约定的赔偿款数额过高，甚至远远超过了违约所导致的损失规模，守约方有权请求人民法院或仲裁机构对其加以适度地削减。
因为依照法律的基本原则，其主要功能在于弥补损失，如果赔偿款过高，很有可能会被视为一种不公平的行为。
因此，我们可以得出结论，合同赔偿款超出发票总额并不是一个确定性的答案，它将取决于具体案情的复杂性以及涉及的因素等多个方面，进而对此问题作出合理的判断。