在涉及到农业合同纠纷的损失赔偿问题上，首先需要以合同中所约定的内容为准绳，确立相应的赔偿方式以及赔偿金额。
如果合同中并未对这一事项进行详细规定，那么赔偿标准将依据现行的法律法规加以确认。
通常来讲，损失赔偿可以分为直接损失和可得利益损失两个方面。
直接损失主要涵盖了因为当事人违反合同所导致的投入成本进一步增加、农作物遭受损毁等状况。
至于可得利益损失，它主要指的是在合同能够按照规定得以顺利执行的前提条件下，本来有机会获得的各类潜在利益。
在评估损失金额的时候，必须要充分考虑到违约方的过失责任程度、违约行为和实际损失之间的因果关联性等重要因素。
除此之外，受损一方还必须提交充足的证据来证实自身遭受的损失及其数量，这些证据可能包括但不限于相关的合同文本、支付流水单据或者评估报告等等。
总而言之，农业合同纠纷中所产生的损失赔偿问题需要全方位地考察各种复杂的因素，严格遵循相关法律法规并结合具体的事实证据来做出公正合理的判断。