跟分公司签合同转钱到总公司是合法，因为本身分公司和总公司之间的关系就比较特殊，是可以进行一个财产方面的转移的，但是需要了解到的，如果是有一些风险和一些债务方面承担的话，依然是需要由总公司来承受的。与分公司签合同由总公司付款，具体由分公司还是总公司付款也可以在签署的合同之中约定。

《公司法》第十四条
公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。
公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。