针对合同约定对违反规章制度问题的处理方法，需要依据实际情况进行审慎权衡与全面分析。
通常而言，倘若所违背的规章属于管理性的强制性规定范畴，那么该合同未必必然无效，而是可以根据案件所涉及的具体情形以及各方当事人的过失程度，由各相关当事人分担相应的民事责任。
然而，若是违反了效力性强制性规定，则该合同很可能被判定为无效。
在这种情况下，双方应根据各自的过失程度来承担责任，并因合同的无效而引起的财产变动，应按如下原则处理：
能够退还的应当退回，无法退还或无必要退还的，应当折价补偿。
对于存在过失的一方，应当赔偿由于其行为给另一方造成的所有经济损失，对于双方均有过错的情况，应当各自承担相应的法律责任。
总的来看，对于具体的处理方法，必须结合规章制度的性质、合同的履行状况、双方的过失程度等多个层面的因素进行综合考虑。