针对司法实践中的阴阳合同问题，通常会对其涉及的标的金额或财产权益进行深入细致的分析研究。
在此基础上，根据具体情况采取相应的处理策略。
通常情况下，法院将遵循下列两种基本做法:
首先，依据相关法律法规，当合同需进行备案时，备案的合同将作为处理效力的标准;
但如备案的合同并未能得以确实履行，而实际上已履行的合同中所体现出的利润存在非法成分，那么，我们将会以实际履行的合同为准，否则，应尊重备案合同的原有约定。
另一方面，若备案合同未涉及到的部分，阴合同含有相对应的内容，那么这部分内容将依照阴合同的约定予以执行。
其次，如果所签订的两份合同无需经过批准或备案的话，则应遵循实际履行的合同为准的原则。
当然，亦有些地方法院曾做出过相反的确定，即以上一份合同的定价为准。
然而，必须明确的是，在这种情况下，举证责任将落在持怀疑态度的一方上，即只有认为前面一份合同的定价系恶意规避税款以及欺诈获取贷款等目的造成的虚假价格者才需要承担起这样的举证责任。

《民法典》第一百四十六条
行为人与相对人以虚假的意思表示实施的民事法律行为无效。
以虚假的意思表示隐藏的民事法律行为的效力，依照有关法律规定处理。