民法典合同纠纷确认的诉讼时效是三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效的起算问题，应该以合同约定的履行期限届满的次日开始进行计算，履行期限没有约定或者是约定不明确的，从确定的履行期限届满的次日开始计算。合同是否有效由人民法院通过判决或者仲裁机构通过裁决进行确认，一方在起诉的时候合同效力并不是确定的，一方或者是双方也无权进行自行确定。所以当事人只能按照合同约定的期限主张权利，时效期间应该从约定的履行期限届满的次日起计算。

《民法典》第一百八十八条
向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。