诉讼时效届满，还款协议还是有效的，债权人依然可以凭该协议到法院提起诉讼，但是，因为已过诉讼时效，债务人以过了诉讼时效为由提出抗辩的，债权人的请求得不到法院支持，即借款过了诉讼时效才提起诉讼的，债务人提出已过诉讼时效为由抗辩，债权人会败诉。

《民法典》第一百八十八条
向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。