在借款协议中，当事人有权利自行设立违约金，但是不可否认的是，违约金数额必须与其实际损失相适应。
若违约金低于给相关方带来的实质性损害，人民法院或者仲裁机构将依据申请，适度提高违约金的数额；
反之，若违约金过高，远超于实际损失，人民法院或者仲裁机构也可依据申请，适当降低违约金的数额。
值得注意的是，在借款协议中，如果双方所设定的违约金过高，很可能会被认定为“过度高于实际损失”，因此，法院或者仲裁机构有权根据实际情况对违约金进行相应的调整。
换言之，如果借款协议中的每日违约金数额过高，已经超过了借款人因违约行为可能产生的实际损失，那么超出部分很可能会被法院或者仲裁机构予以削减。
关于每日违约金的具体数额，法律并未规定一个固定的上限，而是强调违约金的数额应与实际损失相匹配。
因此，借款协议中每日违约金的数额是否合法，需结合实际损失、借款金额、借款期限以及借款利率等多方面因素进行全面评估。
若违约金数额明显不合理，法院或者仲裁机构可能会根据实际情况进行相应的调整。

《中华人民共和国民法典》第五百八十五条
当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。
约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。
当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。