若已经签署的借款协议被判定为无效，应依照《中华人民共和国民法典》之相关规定，即根据第一百五十七条明文规定：当行为人做出此种行为时获得之财产，应当予以退还；
如无法归还或无必要归还时，则应当以评估作价方式进行补偿。
倘若任何一方存在过失，均需对另一方因而遭受的损失负责赔偿；
而在双方皆有过失的状况下，则应按照各自的过错程度，分别对财产退还、估值补偿以及赔偿损失等事项负起对应的法律责任。
所以，在借款协议被判决无效之后，各方都应当依据实际情况及过错程度，依法处置财产退还、估值补偿与赔偿损失等事宜。

《中华人民共和国民法典》第一百五十七条
民事法律行为无效、被撤销或者确定不发生效力后，行为人因该行为取得的财产，应当予以返还；
不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方由此所受到的损失；
各方都有过错的，应当各自承担相应的责任。法律另有规定的，依照其规定。