根据法律规定，民事案件的诉讼时效期限一律设定为三年，自权利人明确知晓或应当了解其权益受损且责任人承担相应义务之日起算。
若借款协议期限已过三年，权利人必须在此诉讼时效期间内向当地法院提出申诉，如逾期未予上诉，恐将失去此项诉讼权。
面对借款协议到期三年的情况，权利人应立即开始搜集有关证据，如借款协议、资金流转记录、款项催收记录等，以便能向人民法院提起诉讼，请求法院判定责任方偿还借款本金及其利息（若借款协议中已有相关约定）。
若权利人认为存在特殊情形，可申请延长诉讼时效期限。
在正式起诉阶段，权利人需提交详细阐述事实与理由的起诉书，并附带相关证据。
法院在对起诉资料进行审核后，若认定符合立案标准，则会予以立案，并按照法定程序进行审理。

《中华人民共和国民法典》第一百八十八条
向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。