当公司借款合同被认定为无效之时，往往会引发如下一系列的法律纠纷和层面:
首先，基于该项借款所获得的任何资产或资金应当立即归还至出借人手中。
若在实际操作中难以达成现金返回，或是认为此举并无必要，则应考虑以公正合理的价格进行补偿。
其次，合同无效的情况下，那些对这一结果具有主要过失的一方需向对方支付因此而造成的所有经济损失。
倘若错误双方均有所涉及，那么他们应当各自承担其对应的责任份额。

《民法典》第一百五十七条
民事法律行为无效、被撤销或者确定不发生效力后，行为人因该行为取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。
有过错的一方应当赔偿对方由此所受到的损失；各方都有过错的，应当各自承担相应的责任。法律另有规定的，依照其规定。