离婚时作为补偿写的借条有效，但是法院不一定支持当事人主张的诉讼请求。
根据《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》第二条的规定，当事人持有的借据、收据、欠条等债权凭证没有载明债权人，持有债权凭证的当事人提起民间借贷诉讼的，人民法院应予受理。
因此无论离婚时或是婚内形成借条，一般都会被法院作为有效证据采信。
但是当法院具体审理借条欠款形成的原因时，离婚时作为补偿而写的借条因为不存在真实的借款关系，法院往往不会支持原告一方的诉讼请求。
因此，建议这种情况下，最好是将补偿款一并写入离婚协议中。

《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》第二条出借人向人民法院起诉时，应当提供借据、收据、欠条等债权凭证以及其他能够证明借贷法律关系存在的证据。
当事人持有的借据、收据、欠条等债权凭证没有载明债权人，持有债权凭证的当事人提起民间借贷诉讼的，人民法院应予受理。
被告对原告的债权人资格提出有事实依据的抗辩，人民法院经审理认为原告不具有债权人资格的，裁定驳回起诉。