当夫妻决定分居并进行离婚诉讼时，关于子女抚养权的分配问题，应综观子女的身心发展状况、确保他们享受正当权益这两大原则进行考量。
法院将全面评估子女的年龄、个人意愿，以及父母双方的抚养能力和抚养条件等多方面因素。
若子女仍处于哺乳阶段，那么抚养权通常会判归母亲所有。
而对于年满两周岁以上的子女，若父母双方就抚养问题无法达成共识，则需由法院依据实际情况，以最有利于未成年人利益为原则作出裁决。
至于已经年满八周岁的子女，他们的真实意愿应得到充分尊重。

《中华人民共和国民法典》第一千零八十四条
父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。
离婚后，父母对于子女仍有抚养、教育、保护的权利和义务。
离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。