离婚协议变更登记的程序如下：
双方领取离婚证后，一方当事人以正当理由要求变更子女抚养关系或者增减子女抚养费的，可以向原受理离婚登记的婚姻登记管理机关申请变更离婚协议，并填写自愿离婚变更协议申请；
婚姻登记管理机关经审查，认为情况属实的，应当准予变更，并在自愿离婚变更协议书上加盖婚姻登记管理机关专用章。只要协议经过盖章，变更登记手续即宣告完成。

《中华人民共和国民法典》第一千零七十六条
夫妻双方自愿离婚的，应当签订书面离婚协议，并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。
离婚协议应当载明双方自愿离婚的意思表示和对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的意见。
《中华人民共和国民法典》第一千零八十条
完成离婚登记，或者离婚判决书、调解书生效，即解除婚姻关系。