在中国的法律体系中，离婚并非是可以自动发生的情况。
离婚主要有两种方式，一是协议离婚，这就要求夫妻双方都出于自愿，并且能够达成一致的离婚协议，之后前往婚姻登记机关办理相关的离婚手续，通过合法的程序来结束婚姻关系。
二是诉讼离婚，即一方将离婚诉求起诉至法院，由法院根据具体情况进行判决，从而决定是否准许离婚。
单纯只是夫妻双方三年没有生活在一起，这并不满足法律所规定的自动离婚的情形。
法律明确规定，因感情不和而分居满二年，并且经过调解依然无效的，法院才应准予离婚。
这里的两年必须是连续的、基于感情不和的分居状态，并且最终还需要经过法院的判决。
所以，仅仅三年没有在一起是绝对不能自动离婚的。
如果夫妻其中一方想要结束婚姻关系，就必须按照法定的程序，通过协议离婚或者诉讼离婚的方式来办理。