关于离婚协议中所约定赔偿款项超过三年后仍然进行诉讼是否仍然具有法律效应这一问题，其答案取决于相关事实情况的复杂性。
举例来说，若在过去三年间，您曾经向对方提出过追索该笔赔偿款项的请求权益行为，亦或是在此期间内发生了其他可以导致诉讼时效出现中断甚至是中止情况的因素，那么此时的诉讼程序有可能会被判定为有效，且具备法律效力。
然而，如果上述情况均未得到满足，则存在由于诉讼时效超过法定时限而面临法院判决败诉的风险。

《中华人民共和国民法典》第一百八十八条
向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。