申请协议离婚的程序如下：
1、男女双方应当共同到一方当事人常住户口所在地的婚姻登记机关提出申请。
2、提交本人的户口簿、身份证；本人的结婚证;双方当事人共同签署的离婚协议书。
3、婚姻登记机关进行审查；
4、符合条件的予以登记，发给《离婚证》。

《民法典》第一千零七十六条
夫妻双方自愿离婚的，应当签订书面离婚协议，并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。
离婚协议应当载明双方自愿离婚的意思表示和对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的意见。