深圳协议离婚程序如下：
1.准备相关证件。户口本、身份证(原件及复印件)、结婚证(原件及复印件)。
2.准备相关材料。即离婚协议书。
3.夫妻双方共同、亲自到一方当事人常住户口所在地的民政局办理离婚程序。
4.民政局工作人员经查证情况属实后，收回结婚证，发给离婚证。

《中华人民共和国民法典》第一千零七十六条
夫妻双方自愿离婚的，应当签订书面离婚协议，并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。
离婚协议应当载明双方自愿离婚的意思表示和对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的意见。