商铺租赁协议纠纷可以采用以下几种途径进行妥善处理：首先，双方当事人应本着诚实守信的原则，就争议事项进行充分协商以达成妥善结果；其次，根据相关法律规定，双方当事人也可自愿寻求具有公信力的第三方机构的调解，借助其权威性及影响力来化解矛盾；再者，如果双方无法自行协商解决问题，则可选择将争议提交给公正无私的仲裁机构，由其依据事实真相做出准确判断，并在权利与义务方面给出公平合理的裁定；最后，若以上途径均无法实现有效解决，当事人一方可依法向当地人民法院提起诉讼程序，请求司法机关介入并作出最终判决。

《中华人民共和国民法典》第五百二十八条当事人依据前条规定中止履行的，应当及时通知对方。对方提供适当担保的，应当恢复履行。中止履行后，对方在合理期限内未恢复履行能力且未提供适当担保的，视为以自己的行为表明不履行主要债务，中止履行的一方可以解除合同并可以请求对方承担违约责任。