首先，您可选择向工程所在地或被告所在地的人民法院提起诉讼，相应的管辖法院应为地区级或县级人民法院。
其次，拖欠工程款项涉及民事纠纷范畴，而清欠办仅负责农民工工资问题的处理，因此建议您在应付工程款之日起的两年内，尽快向法院提交诉讼请求。持有相关的欠条资料即可直接对建设单位提出诉讼，但仍需尽力提供施工合同及竣工结算文件等相关证据支持您的主张。
最后，在正式提起诉讼之时，建议您尽可能地申请财产保全措施，即查封被告名下的银行账户，以确保案件判决能够得到有效执行。

《中华人民共和国民事诉讼法》第一百二十条起诉应当向人民法院递交起诉状，并按照被告人数提出副本。书写起诉状确有困难的，可以口头起诉，由人民法院记入笔录，并告知对方当事人。