厂房股权转让税按照以下方式交：
厂房股权转让双方需要缴纳的印花税应按转让合同确定的转让价计征，以万分之五的税率计算缴纳；
如果是公司转让厂房股权的，应以转让股权取得的收入作为公司的收入总额计算应纳税所得额，以25%的税率计算缴纳企业所得税；
如果是个人转让厂房股权的，应当以股权转让的收入额减除财产原值与合理费用后的余额作为应纳税所得额，适用20%的税率来缴纳个人所得税。

《中华人民共和国企业所得税法》第五条
企业每一纳税年度的收入总额，减除不征税收入、免税收入、各项扣除以及允许弥补的以前年度亏损后的余额，为应纳税所得额。
《中华人民共和国企业所得税法》第六条
企业以货币形式和非货币形式从各种来源取得的收入，为收入总额。包括：
（一）销售货物收入；
（二）提供劳务收入；
（三）转让财产收入；
（四）股息、红利等权益性投资收益；
（五）利息收入；
（六）租金收入；
（七）特许权使用费收入；
（八）接受捐赠收入；
（九）其他收入。
《中华人民共和国个人所得税法》第三条
个人所得税的税率：
（一）综合所得，适用百分之三至百分之四十五的超额累进税率（税率表附后）；
（二）经营所得，适用百分之五至百分之三十五的超额累进税率（税率表附后）；
（三）利息、股息、红利所得，财产租赁所得，财产转让所得和偶然所得，适用比例税率，税率为百分之二十。